1987年出生的黄博文出生于秦皇岛中国足校，2001年9月进入国安青年队。三年后，不满17岁的黄博文升入国安一线队北京国安中超冠军，并入选国安一线队。 2004年中超联赛对阵沉阳金德的比赛中攻入1球，创造了中超联赛最年轻进球球员的纪录。 2009赛季，黄博文虽然遭遇重伤缺阵3个月，但依然打进3球、3次助攻，为国安队历史上第一座顶级联赛冠军奖杯贡献力量。
2011年2月，黄博文选择出国留学，加盟韩国K联赛球队全北现代队，并签订了为期两年的合同。 一个半赛季的时间里，黄博文为全北现代队各项赛事出战38场，打进5球并有3次助攻。 随队夺得2011年K联赛冠军，并杀入亚冠决赛，但最终遗憾输给阿尔萨。 德国队获得第二名。
2012年7月，黄博文回国加盟广州恒大。 此举引起了国安球迷的强烈不满，因为在出国留学时，黄博文曾对着BTV镜头说过这样的话，“如果我回到中国，我一定会回到国安。” ！”然而，正是因为他这句话，国安球迷的反应才如此强烈。
事实上，由于伤病的原因，黄博文2012赛季在全北并没有太多的机会，因此他萌生了回到中国的想法。 他首先联系的是老东家北京国安，但由于他还在合同期内，全北现代希望从他那里得到一些。 转会费，国安认为，黄博文加盟全北时，俱乐部主动解约，让他自由离队，并且没有要一分钱转会费，所以不愿意支付这次他的转会费。 在这种情况下，到处挖人的恒大开出了1300万元的转会费，还为黄博文提供了一份年薪超过700万元的优厚合同，成功招揽了这名国内顶级中场球员。
对于黄博文加盟恒大，时任国安总经理高高直言：“国安无权干涉黄博文回国后的选择，这是他的自由。” 不过，俱乐部的表态并不能平息国安球迷的愤怒。 2012年中超联赛最后一场比赛，广州恒大客场挑战北京国安。 没有上场的黄博文赛后想绕场感谢球迷，却被可乐溅到。 即便如此，在赛后接受北京电视台采访时，黄博文含泪表示自己没有受委屈，并为欺骗球迷感情而道歉。
在恒大的10年里北京国安中超冠军，黄博文各项赛事出场294场，打进19球，助攻39次。 随队获得7次中超联赛冠军、2次足协杯冠军、2次中超杯冠军、2次中超杯冠军。 亚冠联赛冠军，并随队两次打入世俱杯半决赛，达到职业生涯巅峰。 如今北京国安中超冠军，在球员生涯结束之际，黄博文再次向国安表达了歉意，可见他对老东家的感情依然深厚。 那时的对错已经成为过去。 就算他和国安球迷不能一笑了之，但他们自己也能过得很好。
